Богоявленский А.П., Аманбаева М.Б., Анаркулова Э.И., Имангазы А.С. Идентификация и молекулярно-генетическая характеристика потенциально опасных микроорганизмов и вирусов

Рубрика: наука

Научные специальности ВАК:

5.8.2. Теория и методика обучения и воспитания (по областям и уровням образования)

Страницы: 3–13

Научная статья

DOI 10.47639/0320-9660_2023_8_3

УДК 34.27.29

Научная статья

А.П. Богоявленский,

доктор биологических наук,

зав. лабораторией противовирусной защиты НПЦ «Микробиологии и вирусологии»,

М.Б. Аманбаева,

PhD доктор, профессор КазНПУ им. Абая,

Э.И. Анаркулова,

научный сотрудник, НПЦ «Микробиологии и вирусологии»,

А.С. Имангазы,

докторант КазНПУ им. Абая,

Алматы, Казахстан,

e-mail:anar-im95@mail.ru

Идентификация и молекулярно-генетическая характеристика потенциально опасных микроорганизмов и вирусов

Аннотация. В статье представлены результаты исследовании по метагеномике кумыса. Кратко охарактеризованы подходы для применения методов массивного параллельного секвенирования. Приводятся материалы для изучения возможности применения данного метода для обнаружения вирусов, способных оказывать целебный эффект

Ключевые слова: метагеномика, мониторинг вирусных инфекций

ОПИСАНИЕ НА АНГЛИЙСКОМ ЯЗЫКЕ:

IDENTIFICATION AND MOLECULAR GENETIC CHARACTERISTICS OF POTENTIALLY DANGEROUS MICROORGANISMS AND VIRUSES

А.P. Bogoyavlenskiy,

Doctor of biological sciences, head of antiviral protection laboratory RPC for “Microbiology and virology”

М.B. Amanbayeva,

PhD, associate professor, AbaiKazNPU,

E.I. Anarkulova,

researcher, RPC for “Microbiology and virology”,

А.S. Imangazy,

doctoral student, Abai KazNPU,

Almaty, Kazakhstan,

e-mail:anar-im95@mail.ru

Abstract. The article presents the results of a study on the metagenomics of Koumiss. Approaches for the application of massive parallel sequencing methods are briefly described. Materials are provided to study the possibility of using this method to detect viruses capable of having a healing effect

Keywords: metagenomics, monitoring of viral infections

Литература

1. Жданов В.М., Львов Д.К. Эволюция возбудителей инфекционных заболеваний. М.: Медицина, 1984. 343 с.

2. Schwartz S., Susser E., Susser M. A future for epidemiology//Annu. Rev. Public Health. 1999. Vol.20. P.15–33.

3. Pollard A.J., Dobson S.R. Emerging infectious diseases in the 21st century // Curr. Opin. Infect. Dis. 2000. Vol. 13, N 3. P. 265–275.

4. Walker J.W., Han B.A., Ott I. M., Drake J.M. Transmissibility of emerging viral zoonoses//PLoS ONE. 2018.  13(11): e0206926. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0206926

5. Руководство по инфекционным болезням / Под ред. Лобзина Ю.В. СПб.: Фолиант, 2000. 936 с.

6. Baker R.E., Mahmud, A.S., Miller, I.F.et al.Infectious disease in an era of global change // Nat. Rev.Microbiol. 2021. https://doi.org/10.1038/s41579-021-00639-z

7. Dalziel B. D. et al. Urbanization and humidity shape the intensity of influenza epidemics in U.S. cities // Science. 2018. №362, P.75–79.

8. Jones B. A. et al. Zoonosis emergence linked to agricultural intensification and environmental change // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2013. №110, P.8399–8404

9. Salje H. et al. How social structures, space, and behaviors shape the spread of infectious diseases using chikungunya as a case study// Proc. Natl. Acad. Sci. USA.2016. №113, P.13420–13425.

10. The World health report: 2004: changing history. World Health Organization, Geneva, Switzerland. 2004. 96 p.

11. Lee J.W. Child survival: a global health challenge // Lancet. 2003. Vol. 362. P. 262.

12. Семенов Б.Ф. Концепция отложенной смерти при гриппе и тактика вакцинопрофилактики инфарктов, инсультов и летальных исходов при этой инфекции // Русский медицинский журнал. 2003. Т. 11, № 23. С. 6–11. 13.

13. Comas I., Cancino-Muñoz I., Mariner-Llicer C., et al. Use of next generation sequencing technologies for the diagnosis and epidemiology of infectious diseases // Enferm.Infecc.Microbiol.Clin (Engl. Ed). 2020. №38 Suppl.1. P.32–38. doi: 10.1016/j.eimc.2020.02.006.

14. Gradíssimo A., Burk R.D. Molecular tests potentially improving HPV screening and genotyping for cervical cancer prevention//Expert. Rev.MolDiagn. 2017. №17(4). Р. 379-391. doi: 10.1080/14737159.2017.1293525.

15. Papa A., Tsioka K., Daskou M.A., Minti F., Papadopoulou E., Melidou A., Giadinis N. Application of 16S rRNA next generation sequencing in ticks in Greece // Heliyon.  2020. 28;6(7):e04542. doi: 10.1016/j.heliyon.2020.e04542

16. Booth M. Climate Change and the Neglected Tropical Diseases // Adv.Parasitol. 2018. 100:39-126. doi: 10.1016/bs.apar.2018.02.001.

17. Moriyama M., Hugentobler W.J., Iwasaki A. Seasonality of Respiratory Viral Infections // Annu. Rev.Virol. 2020. 29;7(1):83-101. doi: 10.1146/annurev-virology-012420-022445.

18. Wang H.W., Pittaluga S., Jaffe E.S. Multicentric Castleman disease: Where are we now?//Semin.Diagn.Pathol. 2016. 33(5):294-306. doi: 10.1053/j.semdp.2016.05.006.

19. Chivero E.T., Stapleton J.T. Tropism of human pegivirus (formerly known as GB virus C/hepatitis G virus) and host immunomodulation: insights into a highly successful viral infection//J. Gen.Virol. 2015. 96(Pt 7):1521-32. doi: 10.1099/vir.0.000086.

20. Mrzljak A., Vilibic-Cavlek T. Torque teno virus in liver diseases and after liver transplantation// World J. Transplant. 2020. 28;10(11):291-296. doi: 10.5500/wjt.v10.i11.291.

21. Lapošová K., Pastoreková S., Tomášková J. Lymphocytic choriomeningitis virus: invisible but not innocent // Acta.Virol. 2013. 57(2):160-70. doi: 10.4149/av_2013_02_160.

22. Fumian T.M., FiorettiJ.M. ,Lun J.H., Dos Santos L., White P.A., Miagostovich M.P. Detection of norovirus epidemic genotypes in raw sewage using next generation sequencing// Environ. Int.  2019. 123:282-291. doi: 10.1016/j.envint.2018.11.054

23. Quan P.L., Wagner T.A., Briese T., Torgerson T.R., Hornig M., Tashmukhamedova A., Firth C., Palacios G., Baisre-De-Leon A., Paddock C.D., Hutchison S.K., Egholm M., Zaki S.R., Goldman J.E., Ochs H.D., Lipkin W.I. Astrovirus encephalitis in boy with X-linked agammaglobulinemia // Emerg. Infect. Dis. 2010. 16(6):918-25. doi: 10.3201/eid1606.091536.

24. Urata S., Weyer J., Storm N., Miyazaki Y., van Vuren P.J., Paweska J.T., Yasuda J. Analysis of Assembly and Budding of Lujo Virus // J.Virol. 2015. 30;90(6):3257-61. doi: 10.1128/JVI.03198-15.

25. Ribeiro G.O., Morais V.S., Monteiro J.C., et al. Aedesaegyptifrom Amazon Basin Harbor High Diversity of Novel Viral Species // Viruses. 2020. 8;12(8):866. doi: 10.3390/v12080866.